Sono le vicende dell’Europa napoleonica a far esplodere una realtà ormai matura: la proclamazione dell’indipendenza del Brasile e di Bahia.
Il re portoghese Dom João VI era ritornato in Europa, da cui era partito nel 1807 per sfuggire alle armate napoleoniche. Nel 1821, in seguito ai moti rivoluzionari di Porto aveva designato il figlio Dom Pedro come reggente del Brasile.
L’anno successivo, il 7 settembre, Dom Pedro dichiara l’indipendenza del paese dal Portogallo nominandosi Dom Pedro I, Imperatore del Brasile.
L’impero non ha grandi problemi ad affermare la sua sovranità salvo che a Bahia.
Qui le truppe portoghesi, sotto la guida di Madeira de Melo, rimangono fedeli al Portogallo facendo così scoppiare la guerra di indipendenza. Dopo alterne vicende belliche, i brasiliani riescono a stringere in un duro assedio Bahia. Il 2 luglio le truppe brasiliane vi entrano dopo che i portoghesi si sono imbarcati per la madre patria. Questa data è divenuta la festa per l’Indipendenza dello stato di Bahia.
Uno degli avvenimenti più significativi di questo periodo è la rivolta del “Malés”. Con questo termine si indicavano a Bahia gli schiavi di etnia Haussa e Nagô, in genere islamizzati e quindi con un livello culturale ben superiore a quello di tutti gli altri schiavi negri africani. Proprio per il loro maggiore livello culturale avevano dato vita a vari tentativi di rivolta.       Nel 1835 vi fu quello più serio, quando assalirono Bahia e si scontrarono direttamente con l’esercito.
I combattimenti furono particolarmente duri e i Malè caddero a centinaia prima di arrendersi.
Subito dopo si scatenò una delle repressioni più dure della storia di Bahia.
Quindi, Bahia vive una breve esperienza di Repubblica indipendente durante la rivolta della “A Sabinada” 1837-1838.
Poi tutto si quieta e nel 1888 si avrà, come in tutto il paese, l’abolizione della schiavitù.